*Thủ tục hải quan đối với hàng hóa trung chuyển:
Khi làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra cảng trung chuyển theo quy định tại Điều 47 Thông tư số 128/2013/TT-BTC ngày 10/9/2013 của Bộ Tài chính, Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục hướng dẫn doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ trung chuyển lập và kê khai số container, không phải kê khai số seal tại cột số 4 bảng kê mẫu số 30/BKTrC/2013 phụ lục III ban hành kèm Thông tư số 128/2013/TT-BTC ngày 10/09/2013 của Bộ Tài chính.
Trường hợp, nghi ngờ có dấu hiệu vi phạm pháp luật, Lãnh đạo Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục chỉ đạo kiểm tra, đối chiếu hàng hóa đóng trong container trung chuyển với bản kê hàng hóa.

*Hàng nhập khẩu chuyển cảng đến nhiều cảng đích khác nhau đóng chung container:
Đối với hàng hóa nhập khẩu chuyển cảng đến nhiều cảng đích khác nhau đóng chung container, việc chia tách thực hiện tại kho CFS; đối với những cảng quốc tế mà chưa thành lập kho CFS thì việc chia tách hàng hóa trong cảng quốc tế (bao gồm cả Tân Cảng – Cái Mép(TCIT)) được thực hiện tại khu vực riêng thuộc cảng và phải chịu sự giám sát của Hải quan. Khu vực riêng để sử dụng cho hoạt động chia tách hàng hóa trong cảng quốc tế phải được thông báo cho cơ quan Hải quan và đáp ứng các điều kiện giám sát của cơ quan Hải quan.
Đối với trường hợp làm thủ tục hải quan để chuyển cảng hàng hóa từ cảng nhập về cảng dỡ hàng (chuyển cảng lần 1) và từ cảng dỡ hàng đến cảng đích (chuyển cảng lần 2), thực hiện thủ tục hải quan, quản lý, giám sát hải quan theo quy định đối với hàng chuyển cảng tại Điều 16, Điều 17 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP ngày 15/12/2005 của Chính phủ; hướng dẫn tại Khoản 1.2 Điều 3 Phần 1, Điều 5 Mục 1 Phần 2 Quy trình ban hành kèm theo Quyết định số 2406/QĐ-TCHQ ngày 04/11/2011 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan.

*Hàng quá cảnh đóng ghép chung container với hàng nhập khẩu, hàng xuất khẩu:
Hàng hóa quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam sang nước thứ 3 tuân thủ theo quy định tại Điều 40 Luật Hải quan; Mục 5 Luật Thương mại; Điều 19 Nghị định số 154 của Chính phủ và Chương VII Nghị định số 187/2013/NĐ-CP ngày 20/11/2013 của Chính phủ.
Văn bản quy định về tuyến đường, cửa khẩu; địa điểm làm thủ tục hải quan và một số hướng dẫn cụ thể đối với hàng hóa quá cảnh đóng ghép chung container với hàng hóa nhập khẩu chuyển cảng và quy định đối với hàng hóa quá cảnh đã làm thủ tục đóng ghép chung container với hàng hóa xuất khẩu đã làm thủ tục.

* Giám sát hàng hóa xuất khẩu chuyển cảng:
Trường hợp có thay đổi thông tin tàu xuất so với thông tin ban đầu đã thông báo cho cơ quan hải quan, hãng tàu/người được hãng tàu ủy quyền phải có văn bản thông báo (bảng fax hoặc thư điện tử và nộp bản chính sau, trong đó nêu rõ lý do thay đổi thông tin tàu xuất và cam kết chịu trách nhiệm trong trường hợp sai phạm) gửi Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất. Trên cơ sở văn bản thông báo của hãng tàu, Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất thực hiện việc giám sát theo quy định. Sau khi hoàn thành việc giám sát, Chi cục hải quan cửa khẩu xuất sẽ fax cho Chi cục Hải quan cảng làm thủ tục xuất khẩu biên bản bàn giao kèm theo văn bản thông báo của hãng tàu để Chi cục Hải quan cửa khẩu làm thủ tục xuất khẩu theo dõi, cập nhật thông tin và lưu trữ theo quy định.