Theo đó, về nghiệp vụ, các thủ tục hành chính một cửa thực hiện tại cảng biển căn cứ theo các quy định tại Thông tư liên tịch số 84/2013/TTLT-BTC-BCT-BGTVT ngày 25/6/2013 giữa các Bộ Tài chính, Công Thương và Giao thông vận tải hướng dẫn thực hiện Quyết định 48/2011/QĐ-TTg (Thông tư 84).

Về quy định pháp lý liên quan đến các thủ tục hành chính của các Bộ, ngành để thực hiện thủ tục tàu biển Việt Nam và tàu biển nước ngoài nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh vào cảng biển, thực hiện theo khoản 2 và khoản 3 Điều 1, Thông tư 84.

Quá trình trao đổi thông tin để thực hiện thủ tục tàu biển Việt Nam và nước ngoài nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh vào cảng biển thực hiện theo Điều 21, Thông tư 84.

Tổng cục Hải quan cũng hướng dẫn DN về cách sử dụng hệ thống. Theo đó, DN truy cập vào Cổng thông tin NSW theo địa chỉ https://www.vnsw.gov.vn để thực hiện khai báo thông tin các chứng từ và nhận kết quả xử lý của các Bộ, ngành.

Danh mục chứng từ phải khai báo trên Cổng thông tin NSW được quy định tại mục 1, phụ lục IV, Thông tư 84. Cụ thể gồm các loại như sau:

a)    Thông báo đến/rời cảng;

b)    Bản khai chung;

c)    Danh sách thuyền viên;

d)    Danh sách hàng khách;

e)    Bản khai hàng hóa;

f)     Bản khai hàng hóa nguy hiểm (nếu có, đối với tàu thuyền nhập cảnh);

g)    Bản khai dự trữ của tàu (đối với tàu thuyền nhập cảnh, xuất cảnh);

h)    Bản khai hành lý thuyền viên (đối với tàu thuyền nhập cảnh);

i)     Bản khai hành lý hành khách (nếu có đối với tàu thuyền xuất cảnh);

k)    Giấy khai báo y tế hàng hải (đối với tàu thuyền nhập cảnh);

l)     Bản khai kiểm dịch thực vật (đối với tàu thuyền nhập cảnh);

m)   Bản khai kiểm dịch động vật (đối với tàu thuyền nhập cảnh);

n)    Giấy phép rời cảng (đối với tàu thuyền nhập cảnh);

o)    Bản khai an ninh tàu biển (đối với tàu thuyền nhập cảnh).

Thủ tục khai báo, sửa đổi, bổ sung đối với vận đơn gom hàng và danh sách khai báo container rỗng, DN thực hiện trên hệ thống e-Manifest như hiện tại.

 ​

Theo quy định tại Điều 21, Thông tư 84 thì quy trình cơ bản trao đổi thông tin giữa Bộ Giao thông vận tải với Cổng thông tin một cửa quốc gia như sau:

1. Cổng thông tin một cửa quốc gia tiếp nhận thông tin khai, chuyển tiếp thông tin khai báo đến hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông vận tải. Các cơ quan nhà nước làm thủ tục cho tàu thuyền tại cảng biển sẽ xử lý nghiệp vụ trên phần mềm kết nối đến hoặc xử lý trực tiếp trên hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông vận tải.

2. Các cơ quan nhà nước tại cảng biển gồm: Hải quan cửa khẩu, Biên phòng cửa khẩu, cơ quan kiểm dịch y tế quốc tế, cơ quan kiểm dịch thực vật, cơ quan kiểm dịch động vật xem xét hồ sơ chứng từ, thực hiện các hoạt động nghiệp vụ theo quy định của pháp luật và gửi kết quả xử lý về hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông vận tải. Trường hợp không phê duyệt phải có lý do cụ thể và thông báo về hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông vận tải.

3. Trên cơ sở kết quả hoàn thành các thủ tục của các cơ quan nhà nước tại cảng biển nêu trên, Cảng vụ hàng hải xử lý hồ sơ, gửi trả kết quả về Cổng thông tin một cửa quốc gia thông qua hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông vận tải. Trường hợp từ chối, Cảng vụ hàng hải nêu rõ lý do và gửi về Cổng thông tin một cửa quốc gia thông qua hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông vận tải.