Quy trình này áp dụng đối với thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp; thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường và thuế giá trị gia tăng.

Theo đó, quy trình hoàn thuế, không thu thuế gồm các bước sau:

– Tiếp nhận hồ sơ, thực hiện theo Điều 129 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính.

– Phân loại và phân công xử lý hồ sơ.

– Kiểm tra hồ sơ thuộc loại hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau.

– Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, thực hiện đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế, không thu thuế sau.

– Hoàn thuế, không thu thuế. Thời hạn ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế thực hiện theo quy định tại khoản 18 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 Luật sửa đổi, bổ sung mốt sô điều của Luật Quản lý thuế.

– Thanh khoản và cập nhật thông tin.

– Lưu trữ hồ sơ, thông tin, gồm lưu trữ hồ sơ giấy và lưu trữ trong cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan.

– Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và hạch toán kế toán: Thực hiện theo quy định tại Điều 49, Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

– Báo cáo số liệu hoàn thuế, không thu thuế.

Quyết định 1780/QĐ-TCHQ bắt đầu có hiệu lực từ ngày 02/7/2016, thay thế Quyết định số 2424/QĐ-TCHQ ngày 27/11/2008.