Về cơ bản các quy định nêu tại Thông tư này không đổi so với quy định tại Thông tư số 82/2012/TT-BTC ngày 22/5/2012. Bên cạnh đó, Thông tư 40/2014/TT-BTC có một số điểm mới như sau:
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2014 đến hết ngày 31/12/2015, cùng thời điểm có hiệu lực thi hành của Bản thoả thuận về việc thúc đẩy thương mại song phương giữa giữa Chính phủ nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Chính phủ Hoàng gia Campuchia. Riêng đối với hàng hóa nhập khẩu theo hạn ngạch nêu tại Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này áp dụng từ ngày 24/2/2014 đến hết ngày 31/12/2015.
Đối với các tờ khai hàng hóa nhập khẩu của hàng hóa nêu tại Phụ lục I đăng ký từ ngày 01/01/2014 đáp ứng đủ điều kiện để được hưởng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt quy định tại Thông tư này nhưng đã nộp thuế với mức thuế suất cao hơn được hoàn trả số tiền thuế chênh lệch theo quy định của pháp luật quản lý thuế.