Sản phẩm chủ yếu xuất khẩu sang Nhật Bản là:

Tôm: Năm 2013, thị trường Nhật Bản là thị trường lớn thứ 2 của tôm sau Mỹ và chiếm 22,8% thị phần. Kim ngạch năm 2013 sang thị trường này đạt 708,775 triệu USD, tăng 14,7% so với năm 2012. Tháng 1 năm 2014, kim ngạch đạt 54,032 triệu USD, tăng 64,3% so với cùng kỳ năm 2013. 

Mực và bạch tuộc: Năm 2013, đối với mặt hàng này, thị trường Nhật Bản là thị trường lớn thứ 2 sau Hàn Quốc và chiếm 27,3% thị phần. Kim ngạch xuất khẩu năm 2013 đạt 122,179 triệu USD, giảm 15,1% so với năm 2012. Tháng 1 năm 2014, kim ngạch đạt 8,319 triệu USD, giảm 19,8% so với cùng kỳ năm 2013.

 Cá ngừ: Năm 2013, thị trường Nhật Bản là thị trường lớn thứ 3 sau Mỹ, EU và chiếm 8% thị phần. Kim ngạch năm 2013 đạt 42,030 triệu USD, giảm 22,1% so với năm 2012. Tháng 1 năm 2014, kim ngạch đạt 3,014 triệu USD, giảm 39,9% so với cùng kỳ năm 2013. Xuất khẩu cá ngừ sang thị trường Nhật gồm 2 sản phẩm chinh: cá ngừ tươi sống (chiếm khoảng 86%) và cá ngừ chế biến (chiếm khoảng 14%). Xuất khẩu cá ngừ tươi sống sang thị trường Nhật đang có xu hướng giảm do thiếu nguyên liệu đầu vào (năm 2013 giảm trên 25%) thì xuất khẩu cá ngừ chế biến đang là hướng đi tích cực của xuất khẩu cá ngừ Việt Nam sang thị trường này (năm 2013 mặt hàng này tăng khoảng 11%). Tuy nhiên, theo báo cáo của Vasep, xuất khẩu cá ngừ chế biến sang thị trường Nhật lại gặp bất lợi về thuế so với các đối thủ cạnh tranh (thuế suất của cá ngừ chế biến Việt Nam là 9,6% trong khi Thái Lan và Philippin, hai đối thủ cạnh tranh chính chỉ chịu thuế suất là 0% kể từ năm 2013).

Chả cá và surimi: Năm 2013, thị trường Nhật Bản là thị trường lớn thứ 4 và chiếm 10,2% thị phần. Năm 2013, kim ngạch đạt 25,424 triệu USD, giảm 36,2% so với năm 2012. Tháng 1 năm 2014, kim ngạch đạt 2,217 triệu USD, tăng 34,2% so với cùng kỳ năm 2013.

 Cua, ghẹ: Năm 2013, thị trường Nhật Bản là thị trường lớn thứ 3 sau Mỹ, EU và chiếm 15,9% thị phần. Năm 2013, kim ngạch đạt 17,561 triệu USD, giảm 18,2% so với năm 2012. Tháng 1 năm 2014, kim ngạch đạt 0,97 triệu USD, giảm 42,5% so với cùng kỳ năm 2013.

 Xét về cơ cấu sản phẩm thủy sản xuất khẩu vào thị trường Nhật Bản thì mặt hàng tôm là mặt hàng chính, chiếm trên 60% tổng kim ngạch xuất khẩu sang thị trường này. Vì vậy, năm 2013 và đầu năm 2014, mặc dù hầu hết các mặt hàng thủy sản xuất khẩu sang Nhật Bản giảm mạnh nhưng mặt hàng tôm lại tăng nên tổng kim ngạch thủy sản xuất khẩu sang thị trường này vẫn tăng trưởng dương. Năm 2014, xuất khẩu tôm sang thị trường Nhật tiếp tục thuận lợi do: (i) Ngày 22 tháng 1 năm 2014, Nhật Bản đã nâng giới hạn dư lượng tối đa của ethoxyquin trong tôm nhập khẩu từ Việt Nam lên 0.2ppm (tăng 20 lần so với mức 0,01ppm trước đó) và dỡ bỏ quy định kiểm tra ethoxyquin đối với 100% lô tôm nhập khẩu từ Việt Nam; (ii) nguồn cung tôm của Việt Nam vẫn ổn định do kiểm soát được dịch bệnh ngay từ năm 2013; (iii) một số nước đã khắc phục được dịch bệnh tôm chết sớm nhưng khả năng phục hồi nguồn cung cũng sẽ mất khoảng 1-2 năm (Thái Lan, Ma-lai-xi-a, Trung Quốc); (iv) Ấn Độ tuy không gặp dịch bệnh nhưng vụ nuôi chậm hơn Việt Nam 1,5 – 2 tháng.