Trường hợp doanh nghiệp nội địa xuất khẩu hàng hóa vào khu phi thuế quan thì trong bộ hồ sơ hải quan sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn bán hàng theo quy định tại Thông tư số 39/2014/TT-BTC.
Trước đó, Bộ Tài chính cũng đã có văn bản hướng dẫn Cục Hải quan các tỉnh, thành phố về việc sử dụng hóa đơn khi làm thủ tục xuất khẩu, quyết toán thuế và văn bản hướng dẫn về việc sử dụng hóa đơn cho hàng hóa đã nhập khẩu để trả lại cho chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất hàng hóa nhập khẩu sang nước thứ ba.