Theo quy định tại Thông tư, kể từ ngày 01/12/2014 tới đây, khi làm thủ tục nhập khẩu, thương nhân phải nộp cho cơ quan hải quan Giấy phép nhập khẩu tự động đã được cấp cùng với bộ hồ sơ nhập khẩu theo quy định hiện hành và phải có trách nhiệm thực hiện đầy đủ các quy định về hàng hóa nhập khẩu thuộc diện quản lý chuyên ngành.

Các loại phân bón gồm: Urê, có hoặc không ở trong dung dịch nước (mã hàng 3102.10.00) và Phân khoáng hoặc phân hóa học có chứa ba nguyên tố cấu thành là nitơ, phospho và kali (mã hàng 3105.20.00) chỉ được nhập khẩu qua cửa khẩu quốc tế và cửa khẩu chính. Trường hợp đặc biệt, việc nhập khẩu các loại phân bón nêu trên qua cửa khẩu phụ, lối mở phải có văn bản cho phép của Bộ Công Thương.

Giấy phép nhập khẩu tự động do Bộ Công Thương cấp cho thương nhân dưới hình thức xác nhận Đơn đăng ký nhập khẩu cho mỗi lô hàng và Giấy phép có giá trị thực hiện trong vòng 30 (ba mươi) ngày kể từ ngày được Bộ Công Thương xác nhận.

Hồ sơ đăng ký cấp Giấy phép nhập khẩu tự động bao gồm: Đơn đăng ký nhập khẩu tự động; giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đầu tư có ngành nghề về kinh doanh phân bón; hợp đồng nhập khẩu hoặc các văn bản có giá trị tương đương hợp đồng; hóa đơn thương mại; tín dụng thư (L/C) hoặc chứng từ thanh toán hoặc xác nhận thanh toán qua ngân hàng (có kèm giấy đề nghị xác nhận thanh toán qua ngân hàng); vận tải đơn hoặc chứng từ vận tải của lô hàng nhập khẩu.

Trường hợp hàng hóa nhập khẩu qua cửa khẩu đường bộ, nhập khẩu từ các khu phi thuế quan, thương nhân không phải nộp vận tải đơn hoặc chứng từ vận tải nhưng phải nộp báo cáo tình hình thực hiện nhập khẩu của đơn đăng ký nhập khẩu đã được xác nhận lần trước.