Tại Nghị định 45/2016/NĐ-CP, bổ sung nhiều nội dung mới. Trong đó có, thêm trường hợp xử phạt 10% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu thuế cao hơn so với quy định của pháp luật về thuế. 

Nghị định cũng bổ sung thẩm quyền xử phạt của Bộ đội Biên phòng, Cảnh sát biển. Bổ sung xử phạt vi phạm về quản lý hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại cảng, kho, bãi.

Bên cạnh đó, Nghị định sửa đổi nhiều quy định khác của Nghị định 127/2013/NĐ-CP như: hình thức xử phạt, biện pháp khắc phục hậu quả; những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan; thủ tục xử phạt, thi hành quyết định xử phạt.
Điều 2 Nghị định 45/2016/NĐ-CP bãi bỏ Điều 23 của Nghị định 127/2013/NĐ-CP.

Nghị định 45/2016/NĐ-CP có hiệu lực kể từ ngày 01/8/2016. Đối với vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan xảy ra trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành nhưng sau đó mới bị phát hiện hoặc đang xem xét, giải quyết thì áp dụng các quy định có lợi cho tổ chức, cá nhân vi phạm.