Ngày 20/4/2018, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 39/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Thông tư 38/2015/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan, thuế và quản lý thuế với hàng hóa xuất, nhập khẩu.

Ngày 04/7/2018, Tổng cục Hải quan đã có công văn số 3899/TCHQ-GSQL gửi Cục Hải quan các tỉnh, thành phố xử lý các vướng mắc tại Nghị định 59 và các văn bản hướng dẫn.Trong đó, Tổng cục Hải quan lưu ý các vướng mắc khi thực hiện TT39 về các vấn đề liên quan đến hồ sơ hải quan, nguyên tắc khai hải quan, khai bổ sung, hủy tở khai, giám sát hàng hóa, DNCX, hàng gia công…

Về hồ sơ hải quan.

Vướng mắc liên quan đến quy định tại khoản 2 Điều 16 Thông tư 39 sửa đổi, bổ sung quy định Hồ sơ hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu, theo đó không quy định bản chính hay bản chụp đối với Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa theo quy định tại Thông tư của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và không quy định các trường hợp phải nộp chứng từ nhập xuất xứ hàng hóa. Tổng cục Hải quan hướng dẫn việc nộp giấy chứng nhận xuất xứ đã được quy định cụ thể tại Thông tư số 38/2018/TT-BTC quy định về kiểm tra, xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Tại điều 18, Thông tư 39 quy định “…các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan có thể ở dạng dữ liệu điện tử hoặc chứng từ giấy được chuyển đổi sang chứng từ điện tử (bản scan có xác nhận bằng chữ ký số”. Tuy nhiên, đối với các chứng từ scan gửi qua hệ thống hải quan có tổng dung lượng không được vượt quá 2MB và không cho gửi file số liệu qua hệ thống, kể cả đã chia nhỏ file; trường hợp chia nhỏ file thì doanh nghiệp phải nhập nhiều lần thông tin của chứng từ đó. Điều này sẽ gây khó khăn cho công chức thực hiện việc kiểm tra, đối chiếu hồ sơ. Để xử lý vướng mắc này, Tổng cục Hải quan đã hướng dẫn trường hợp hồ sơ vượt quá dung lượng cho phép của hệ thống thì doanh nghiệp có thể nộp toàn bộ chứng từ thuộc hồ sơ hải quan dưới dạng bản giấy, trừ các chứng từ cấp trên Cổng thông tin một cửa quốc gia. Đồng thời, Tổng cục Hải quan cũng sẽ lưu ý vướng mắc này khi nâng cấp hệ thống.

Về nguyên tắc khai hải quan.

Tại điểm 2, Công văn số 6376/THCQ-GSQL ngày 14/7/2015 của Tổng cục Hải quan hướng dẫn Thông tư 38/2015/TT-BTC quy định cách thực hiện đối với hàng hóa xuất khẩu của 02 chủ hàng cùng đóng chung 01 công-te-nơ. Thông tư 39/2018/TT-BTC chỉ hướng dẫn khai báo đối với trường hợp hàng dóng chung container của nhiều tờ khai xuất khẩu của cùng 1 chủ hàng, không hướng dẫn việc đóng chung công-te-nơ của nhiều tờ khai xuất khẩu của nhiều chủ hàng. Như vậy trường hợp này có tiếp tục thực hiện theo hướng dẫn tại Công văn 6376 của Tổng cục Hải quan hay không. Về việc này, Tổng cục Hải quan hướng dẫn như sau:

Theo khoản 4 Điều 4 và khoản 3 Điều 61 Luật Hải quan thì: Địa điểm thu gom hàng lẻ là khu vực kho, bãi dùng để thực hiện các hoạt động thu gom, chia, tách hàng hóa của nhiều chủ hàng vận chuyển chung công-te-nơ; Hàng hóa được đưa vào địa điểm thu gom hàng lẻ gồm hàng hóa nhập khẩu chưa làm thủ tục hải quan, hàng hóa xuất khẩu đã hoàn thành thủ tục hải quan hoặc đã đăng ký tờ khai hải quan nhưng việc kiểm tra thực tế hàng hóa sẽ được thực hiện tại địa điểm thu gom hàng lẻ.

Trong quá trình triển khai hệ thống giám sát, quản lý giám sát hàng hóa tự động tại cảng biển đã phát sinh các vướng mắc, bất cập liên quan đến hàng hóa xuất khẩu của nhiều chủ hàng đóng chung công-te-nơ ngoài CFS hoặc ngoài khu vực cửa khẩu. Do vậy, tại Thông tư 39 đã sửa đổi lại quy định về hoạt động đóng ghép, chia tách đối với các lô hàng của nhiều chủ hàng vẫn chuyển chung công-te-nơ tại Thông tư 38, theo đó, các hoạt động chia tách, đóng ghép hàng hóa phải được thực hiện trong kho CFS. Những văn bản hướng dẫn không phù hợp với Thông tư 39 sẽ không còn giá trị để thực hiện.

Đối với trường hợp một vận đơn khai cho nhiều tờ khai, do Hệ thống VNACCS chưa hỗ trợ chức năng tách vận đơn đối với trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa có chung vận tải đơn cho nhiều tờ khai nên người khai hải quan không thể tách vận tải đơn khai báo trên Hệ thống VNACCS. Trong trường hợp này, người khai hải quan ghi vào ô ghi chú: “ Vận đơn…. chung với các tờ khai….”

Vướng mắc liên quan đến việc không có ô để khai báo người ủy thác nhập khẩu trên tờ khai xuất khẩu, Tổng cục Hải quan nêu rõ, theo hướng dẫn tại mẫu số 02 Phụ lục I Thông tư số 39 thay thế phụ lục II Thông tư số 38 thì chỉ tiêu 2.19. Tên người nhập khẩu: “Trường hợp hợp đồng mua bán có điều khoản chỉ định nhận hàng tại Việt Nam (xuất khẩu tại chỗ) thì tên người nhập khẩu là tên người mua hàng tại nước ngoài; ghi người được chỉ định nhận hàng (tại Việt Nam) tại ô “Phần ghi chú”.

Nguyên tắc khai bổ sung, hủy tờ khai.

Điểm a.4 Khoản 2 Điều 20 Thông tư 39 quy định “Trường hợp hàng hóa xuất khẩu đã được thông quan nhưng hàng hóa chưa đưa vào khu vực giám sát hải quan tại cửa khẩu, nếu thay đổi cảng xếp hàng, cửa khẩu xuất, người khai hải quan nộp văn bản thông báo thay đổi cảng xếp hàng, cửa khẩu xuất theo mẫu…”. Vậy trường hợp doanh nghiệp thay đổi tên phương tiện vận chuyển mà không thay đổi cảng xếp hàng, cửa khẩu xuất hàng thì thực hiện thế nào? Trong trường hợp này,  cơ quan Hải quan cửa khẩu thực hiện giám sát hàng hóa xếp lên phương tiện và hướng dẫn người khai hải quan thực hiện khai bổ sung tên phương tiện vận tải xuất cảnh theo quy định.

Tại Điểm 1.a.1 Khoản 11 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 về các trường hợp hủy tờ khai: “Hết thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu mà không có hàng hóa đến cửa khẩu nhập”. Trên thực tế phát sinh trường hợp, hàng hóa đã về đến cửa khẩu. Doanh nghiệp đã đăng ký tờ khai nhưng công ty chưa tiến hành xuất trình hàng hóa, hồ sơ cho cơ quan hải quan kiểm tra thực tế và tờ khai quá hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai. Trong trường hợp này, Tổng cục Hải quan hướng dẫn, căn cứ các quy định tại khoản 1 Điều 22 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 11 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC, nếu thực tế hàng hóa đã đến cửa khẩu nhập thì không thực hiện hủy tờ khai và làm tiếp thủ tục hải quan theo quy định.

Tờ khai nhập khẩu tại chỗ khai trùng thông tin với tờ khai khác và đã quá thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký. Tuy nhiên, trường hợp này không thuộc các trường hợp hủy tờ khai quy định tại Khoản 11 Điều 1 Thông tư số 39, Tổng cục Hải quan hướng dẫn thực hiện hủy tờ khai như đối với trường hợp Hệ thống gặp sự cố quy định tại điểm b.3 khoản 2 Điều 22 Thông tư 38 đã được sửa đổi, bổ sung tại khoản 11 Điều 1 Thông tư 39.

Về quản lý, giám sát hàng hóa.

Tại tiết b điểm 5 khoản 21 Điều 1 Thông tư 39 quy định: “b.1.1 Hết thời hạn 30 ngày kể từ ngày đưa hàng về bảo quản nhưng chưa nhận được kết quả kiểm tra chuyên ngành và cơ quan kiểm tra chuyên ngành không có văn bản xác nhận kéo dài thời gian kiểm tra. Trong thời gian chờ kiểm tra, xử lý, người khai hải quan không được đưa về bảo quản đối với các lô hàng tiếp theo”. Trong trường hợp này, Tổng cục Hải quan hướng dẫn Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai thực hiện việc kiểm tra, xác minh, sau khi có kết quả xác minh nếu xác định việc chậm nộp kết quả kiểm tra chuyên ngành là do lỗi của người khai hải quan thì thực hiện xử lý vi phạm hành chính theo quy định và không cho doanh nghiệp đưa hàng về bảo quản theo quy định. Do vây, trong thời gian kiểm tra, xác minh thì việc không cho người khai hải quan đưa hàng về bảo quản chỉ áp dụng trong phạm vi Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai.

Tổng cục Hải quan cũng lưu ý tại chỉ tiêu thông tin 7.17. ngày dự kiến kết thúc vận chuyển mẫu số 07 phụ lục I kèm theo Thông tư số 39 thay thế phụ lục II Thông tư số 38 chỉ quy định thời gian vận chuyển dự kiến bằng đường bộ và đường thủy nội địa, không áp dụng đối với loại hình vận chuyển khác. Do vậy, đối với hàng hóa vận chuyển đa phương thức thì thời gian vận chuyển theo thời gian đăng ký của người khai hải quan.

Về quản lý DNCX, hàng gia công.

Điểm a khoản 1 Điều 56 Thông tư 38 được sửa đổi bổ sung tại khoản 36 Điều 1 Thông tư 39 quy định chung việc thông báo cơ sở sản xuất đối với tất cả các tổ chức, cá nhân có hoạt động gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu trong đó có bao gồm cả DNCX. Do vậy, Tổng cục Hải quan yêu cầu doanh nghiệp chế xuất trước khi làm thủ tục nhập khẩu lô hàng nguyên liệu, vật tư đầu tiên để gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu phải có văn bản thông báo cơ sở sản xuất theo quy định.

Trước vướng mắc về việc doanh nghiệp không thể thực hiện theo quy định tại tiết a điểm 2 khoản 36 Điều 1 Thông tư 39 về khai số tiếp nhận hợp đồng gia công trên tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu tại ô “Giấy phép nhập khẩu” vì trên phần mềm chưa có trường để khai báo số tiếp nhận hợp đồng, Tổng cục Hải quan đã yêu cầu Cục Hải quan tỉnh, thành phố hướng dẫn doanh nghiệp cập nhật phần mềm đầu cuối phiên bản mới do các công ty cung cấp phần mềm đầu cuối để thiết kế nội dung này để phù hợp với quy định.

Tổng cục Hải quan cũng lưu ý việc kiểm tra cơ sở sản xuất tại Điều 57 Thông tư số 38 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 37 Điều 1 Thông tư 39 quy định chung cho tất cả các tổ chức, cá nhân có hoạt động gia công, sản xuất xuất khẩu nên khi nhập khẩu lần đầu theo loại hình DNCX cũng là đối tượng để kiểm tra cơ sở sản xuất.